Las cosas llegaron a mayores porque los huelguistas chocaron con la policía bajo el mando del general León Lobato, quien encarceló a varios líderes, ocupó diversos edificios de la vieja sede universitaria, y ejerció la violencia en la que hubo, según notas de prensa, dos muertos (no confirmados) y un número indeterminado de heridos del lado estudiantil.² Zubirán abandonó la rectoría, pero el problema no se resolvió. La Junta de Gobierno intentó designar un rector interino de manera ilegal, según la llamada Federación Estudiantil Universitaria (FEU, organización que decía representar a todos los estudiantes). 
 

se unificó el criterio universitario en torno de la destacada personalidad del señor licenciado Antonio Díaz Soto y Gama, cuya integridad moral unida a su valiosa experiencia, capacidad y energía representa en estos momentos una sólida garantía para el restablecimiento del órden (sic) y la paz entre los universitarios. 

Esta propuesta fue hecha de inmediato "con todo respeto" a la Junta de Gobierno.³

La FEU convocó a una "gran asamblea" en el anfiteatro de la Escuela Nacional Preparatoria el 4 de mayo, "para que se oriente a la opinión universitaria sobre la persona o personas que ésta estima conveniente proponer a la Junta de Gobierno, y así este organismo haga la designación de rector". Su presidente, Leopoldo Flores, y su comisionado de prensa, Luis M. Farías, anunciaron que: 

habiendo recibido esta Federación numerosas sugestiones de fuertes sectores universitarios que piden la presencia del señor licenciado Antonio Díaz Soto y Gama, en la asamblea que hemos organizado para hoy en la Escuela Nacional Preparatoria, él nos manifestó que con mucho gusto lo hará, siempre que lo reclame la opinión universitaria.⁴

El 8 de junio se reunieron el Comité Central de Huelga y la Junta de Gobierno, y esta última cedió a las presiones, "por temor a que el grupo llamado de Los Conejos [los estudiantes del centro y la derecha, agrupados en la FEU] se apoderase de la Universidad". Entre las condiciones que aceptó estuvieron la terna propuesta por los estudiantes, integrada por los licenciados Salvador Azuela, Raúl Carrancá Trujillo y Andrés Serra Rojas.⁶ La FEU, la Unión Nacional de Estudiantes Católicos (dirigida por Mario Aguilar Rojas y Salvador Delgado Z.) y el Grupo Liberal Depurador Universitario (encabezado a su vez por Jacinto Valdés, Ezequiel C. Naredo y Xavier Olea Muñoz) se unieron "ante el peligro de las maniobras comunistas que han sido puestas en juego".⁷

La Junta de Gobierno designó al licenciado Andrés Serra Rojas rector de la Universidad, quien aceptó "en principio", pero puso condiciones y se expresó muy abiertamente contra las pretensiones de los estudiantes. El Comité Central de Huelga recibió de manera positiva esta designación, pero el nuevo ungido declaró que no protestaría mientras cuatro escuelas estuviesen ocupadas por estudiantes en rebeldía. El presidente "conejo" de la FEU, Leopoldo Flores, y el secretario de prensa, Luis M. Farías, por su parte, opinaron que la designación de Serra Rojas como rector era "antiuniversitaria", y que la única solución posible sería el plebiscito universitario, "que es la solución legal, justa y acorde con los postulados básicos de los universitarios mexicanos".⁸ Abrumado por la presión de estos grupos, Serra Rojas pidió a la Junta de Gobierno un plazo para "consultar, en una especie de plebiscito privado", la opinión de los diversos grupos de estudiantes en huelga. De no ser "elegido", declinaría su nombramiento ante la Junta de Gobierno.⁹

Mientras Serra Rojas cavilaba, se creó el Comité pro-Autonomía Universitaria, que se inclinaba por la candidatura de Soto y Gama a la rectoría. Estaba formado por la FEU, la Unión Nacional de Estudiantes Católicos, el Grupo Liberal Depurador, el Comité de Postgraduados, el Comité de ex presidentes de la CNE y el Comité de ex presidentes de la FEU, con la bandera del plebiscito como única forma de resolver el conflicto. Ante el repudio de la FEU y asociados a su nombramiento como rector, y a la persistencia de la huelga en algunas escuelas y facultades, el 11 de mayo Serra declinó el nombramiento que le otorgó la Junta, por lo que el C. P. Alfonso Ochoa Ravizé continuaría como encargado de los asuntos administrativos de la Universidad, ante la ausencia de un rector en funciones.¹⁰

En medio de esta compleja situación, se levantaba la candidatura de Soto y Gama a la rectoría. Un desplegado aparecido el 13 de mayo, suscrito por el Comité Central pro-Autonomía de la Universidad (con los nombres de los licenciados Ignacio Moreno Tagle y Mario Aguilar y Rojas como responsables de la publicación), reprodujo en media plana una entrevista realizada por Alardo Prats en la revista Hoy. En ella Soto y Gama sostuvo que: 

los estudiantes, profundamente decepcionados de los sabios de nómina, de los técnicos engreídos y desconocedores de la vida, ponen sus ojos en un hombre independiente, ajeno a camarillas, que no reciba consignas de nadie y sea capaz de destruir ese semillero de ambiciones y de bajos intereses en que se ha convertido la Universidad Nacional Autónoma. 

Respecto de la candidatura propuesta a la rectoría, fue hecha, en sus palabras, por quienes "quieren en la rectoría de la Universidad a un hombre dotado de sentido realista y no a un pobre técnico de gabinete, divorciado de la realidad y narcisísticamente (sic) enamorado de sí mismo". Así definía el perfil deseable de un rector para la Universidad:

Se ha cometido el gran error de suponer que el rector debe ser un hombre de grandes conocimientos técnicos o científicos, los cuales se deben exigir para servir a las cátedras de cada especialidad, pero en cuanto al rector entiendo que debe ser, sobre todo, un hombre dotado de sentido humano, un conciliador de intereses, un hombre comprensivo y de vasta experiencia, que sepa tratar a los jóvenes y a los adultos, y sepa comprender las ansias y los anhelos de los primeros, como las exigencias, no siempre limpias, de los segundos. Lo diré de otro modo: el rector debe ser, ante todo y sobre todo, un hombre de acción, forjado en la vida y en el trato con los hombres; de ninguna manera un teórico de gabinete, ajeno a las realidades sociales ambientes y que a título de sabio oficial (le ruego que se subraye) quiera imponerse sobre todos y sobre todo, con ese engreimiento, característico de los individuos consagrados por una opinión pública más o menos desconcertada. 

Y éste era su perfil ideal de la Universidad:
 

La Universidad debe tener no sólo y exclusivamente un contenido técnico y científico, sino también, y sobre todo, un contenido social, profundamente humano. No hay derecho a que la Universidad, en estos tiempos preñados de problemas de angustias y de inquietudes, dé la espalda de manera desdeñosa a la vida y se encierre en una antipática torre de marfil. Ya es tiempo de que los dineros gastados por el pueblo en el sostenimiento de la Universidad sirvan para que ésta estudie a fondo los problemas básicos de México, y poniéndose en contacto real y directo con las masas y recibiendo su inspiración creadora, esté en aptitud de servirlas; pues una de nuestras mayores tragedias es la de carecer de una clase directora, en virtud de que la que presume de serlo, encerrada en un egoísmo criminal y poseída de un monstruoso afán de lucro, atiende sólo sus propios intereses, vulgar y bajamente económicos, en lugar de consagrar sus capacidades al servicio de la colectividad que sufre. 

Son muchas las causas de esta crisis; todos los fenómenos sociales obedecen a causas múltiples. Pero entre las principales se destacan las siguientes: la intervención cada vez más acentuada de los elementos comunizantes que, de diez a quince años a esta parte, ha venido desarrollándose, con el claro objetivo de apoderarse del gobierno de la Universidad, de acuerdo con el sistema bien conocido de la expansión ideológica y subrepticia del soviet. Otra causa: la intervención siempre interesada del gobierno en los conflictos universitarios y que jamás ha llegado a ocultar, por más disimulo que en ello haya puesto, intervención que invariablemente tiende a convertir la Universidad en un feudo suyo, en donde imponga a su arbitrio a rectores y directores de facultades, de tal suerte que ha llegado a convertirse en proverbio la verdad de que para ser rector de la UNAM se necesita contar con el apoyo decidido e incondicional del gobierno...

A esto ha venido a unirse la absurda, disparatada y tiránica Ley Orgánica vigente, que es un modelo de inepcia. Esa ley es una copia, en lo esencial, de los estatutos por los que se rigen las universidades de Estados Unidos. Tales estatutos en Norteamérica pueden ser eficaces porque las universidades norteamericanas se sostienen con el dinero de uno o de varios capitalistas, los cuales se sienten con el derecho de imponer su voluntad, a través de lo que ellos llaman Trustee y que nosotros llamaríamos Fideicomisariado o Patronato. El que paga, manda, y por eso es lógico que quien dé el dinero para el sostenimiento de la Universidad imponga al rector y fije las tendencias generales de la institución. Pero entre nosotros es absurdo tomar como modelo esas universidades de tipo plutocrático, opuestas a nuestra noble tradición latina, en vez de respetar esa misma tradición que se inicia en la historia con la gloriosa Universidad de Salamanca, en la cual el célebre Senado Salmantino estaba integrado en igualdad de condiciones por maestros y estudiantes. La Ley Orgánica vigente, repudiando torpísimamente esa tradición, ha implantado, a través de la Junta de Gobierno, del Patronato y del rector, una tremenda dictadura, bajo la que sucumbe y tiene que sucumbir el infeliz estudiantado. Nombrado el rector, no por la masa universitaria, sino por la Junta de Gobierno, sometida al Estado que la nombró y da el dinero para la institución, se siente compenetrado, no con la masa universitaria, a la que no debe su elección, sino con el gobierno, que es el que le ha nombrado y que sólo da el subsidio si se obedecen sus consignas. 

Apoyándose en la comparación histórica, Soto y Gama consideraba al Consejo Universitario, por su carácter inamovible, como el Senado romano o el de Venecia. La Junta de Gobierno, por su parte, era un auténtico consejo de notables, o "un cuerpo conservador que produciría justamente el orgullo de un Iturbide, de un Antonio López de Santa Anna o de un Antonio Bustamante". Se preguntaba si no era absurdo que mientras la nación estaba sujeta, "en teoría al menos", a un régimen democrático, la Universidad Nacional fuera "víctima de una oligarquía de tipo burocrático".

Frente a las acusaciones de que Los Conejos, aconsejados por elementos reaccionarios y radicales, eran los impulsores de su candidatura, Soto y Gama respondió:

Nadie que me conozca hará caso de esos infundios. Yo soy revolucionario y estoy tan lejos de la reacción como del comunismo. A mí, que no me pudo dominar un Zapata o un Obregón, ¿me iban a dominar ahora los elementos de derecha o de izquierda? Soy un revolucionario independiente. Mi credo es la Constitución de 1917. Lo sostengo apasionadamente, con la misma pasión que ahora pongo en defensa de nuestra Universidad, no por ningún interés particular, sino para orientar a la nación.¹¹

Las vacaciones de mayo redujeron un poco la tensión en el ambiente, que fue aprovechado por los dirigentes estudiantiles para buscar contactos en la presidencia de la república para solucionar el conflicto, mientras la Junta de Gobierno se preparaba para designar al nuevo rector, el abogado Luis Garrido. Soto y Gama, por su parte, al saber de las postulaciones en su favor de estudiantes y del llamado Colegio Nacional de Profesores Universitarios, hizo las declaraciones siguientes:

Acepto esa postulación, no es porque me crea con méritos para tan alto cargo, sino porque estoy persuadido de que en un medio como el nuestro en que la pusilanimidad y la tibieza están lastimosamente generalizadas, estamos los adultos que sentimos y pensamos de otro modo en la precisa obligación de ofrecer a la juventud ejemplos de virilidad y de civismo, o por lo menos, claras demostraciones de independencia de carácter, sin la cual todo noble esfuerzo de superación fracasa. Quiero naturalmente subrayar que, en mi concepto, el movimiento estudiantil debe encausarse hasta donde sea posible por las vías de la legalidad, y por ello he insistido ante diversas comisiones de estudiantes cuya visita he tenido el honor de recibir, en que mi candidatura debe someterse a la Junta de Gobierno, junto con las sugestiones que por su parte haga el profesorado universitario, cuya opinión debe ser auscultada conforme a la ley, en relación con el nombramiento del futuro rector, ya que dicho profesorado constituye una de las entidades integrantes de la institución universitaria. También hice notar a las referidas comisiones la necesidad imprescindible de convocar a todo el conglomerado estudiantil para que en una gran asamblea plebiscitaria ratifique o rectifique la postulación hecha en mi favor…¹²

La Comisión Gubernativa de la Universidad (presidente, Leopoldo Baeza); el Comité pro-Autonomía (presidente, Ignacio Moreno Tagle); la FEU (presidente, Leopoldo Flores); Unión Nacional de Estudiantes Católicos (presidente, Mario Aguilar); Grupo Depurador Liberal Universitario (presidente, Xavier Olea Muñoz); Asociación de ex presidentes de la FEU (presidente, Javier Rondero); Asociación de ex presidentes de la cne (licenciados Rigoberto López Valdivia y Antonio Mena Brito) y Comité de Postgraduados (presidente, Adolfo Aguilar y Quevedo), lanzaron una convocatoria para elegir rector "por la vía del plebiscito" el 2 de junio en el Anfiteatro Bolívar a las diez horas. Soto y Gama figuraba virtualmente como único aspirante, y en su favor José Vasconcelos señaló que juzgaba "que en la situación actual del conflicto universitario la elección de don Antonio Díaz Soto y Gama es salvadora".¹³

El plebiscito tuvo lugar en el lugar y la fecha acordados, con la asistencia de Vasconcelos y de una muchedumbre estudiantil que apenas cabía en el Anfiteatro. El primer orador de una serie de varios fue Luis M. Farías, y al llegar el turno de Soto y Gama, éste expresó con su estilo acostumbrado:
 

Estamos aquí dos viejos: Vasconcelos, la más alta cumbre intelectual de México y de América, y yo con toda mi alma y mi voluntad al servicio de la patria y de la juventud. Los pocos días de vida que me quedan he de dedicarlos a salvar la Universidad. Vamos a empezar la revolución espiritual con esta revolución universitaria contra la estupidez de la Junta de Gobierno y contra la imbécil Ley Orgánica, hecha por dos malos universitarios, Alfonso Caso y Manuel Gómez Morín. Yo no protestaré cumplir la ley que mata la autonomía…

Se refería a la generación de aquellos años y a la que tenía enfrente, y dijo que la "generación-puente" —en la que incluyó a Lombardo Toledano, Alfonso Caso, Salvador Zubirán e Ignacio Chávez— era la culpable de la inmoralidad reinante en la Universidad. "A ella nos enfrentaremos con la nueva generación de ustedes, y no importa nada porque venimos a salvar el honor de la Universidad, aquí estamos dos viejos para salvar a ustedes". Remató su intervención con palabras que resonarían todavía por mucho tiempo: "si llego a rector sustituiremos a los traidores, implantaremos la doctrina de la afirmación y les ofrezco a ustedes que aunque me muera o me maten, yo afirmaré a Dios dentro de la Universidad y pediré la inmediata derogación del artículo tercero constitucional".

Tocó el turno a la esperada intervención de José Vasconcelos: "queridos muchachos: apartado de ustedes por muchos años 

hoy vuelvo a la Universidad; ante esta actitud valiente de los estudiantes de hoy, quiero decirles que me voy orgulloso de esta juventud que es la raíz de la patria".

Afirmó que cuando llegaron a México los restos del historiador Carlos Pereyra le indignó que la Universidad Nacional no le ofreciera ni siquiera unas horas de acogimiento. Añadió que el movimiento de huelga no le simpatizó al principio, pues esgrimía como uno de sus argumentos la protesta porque les exigían un año más de inglés. "Pero cuando la juventud, en un acto de reforma espiritual dirige sus ojos a este viejo luchador [refiriéndose a Soto y Gama] me reconcilié con la juventud, porque ha tenido la virilidad de recoger a uno de los hombres que merecen el respeto de estas generaciones". 

Habló de la Revolución y mencionó que existían personas que sacrificaron su destino para servirla, como Luis Cabrera, y dijo que Soto y Gama era uno de los que habían luchado con todo desinterés y por sus ideales. "Espero —finalizó— que todos ustedes sepan responder a este gesto de Soto y Gama y opino que la situación exige sacrificio de ustedes, de quienes saldrán héroes y salvadores de la patria". 

Luego el licenciado Leopoldo Baeza, en su carácter de presidente de la Comisión Gubernativa de la Universidad, pidió a la concurrencia indicara si era de elegirse rector de la Universidad a Soto y Gama. Los asistentes contestaron poniéndose de pie y aplaudiendo. Debido a la gran cantidad de personas en el salón —un cálculo aproximado la ubica en mil quinientos estudiantes— Baeza pidió a Soto y Gama que se pusiese de pie sobre la mesa; así lo hizo y con la cabeza en alto protestó guardar la autonomía universitaria y la libertad de cátedra. Se escucharon de nuevo los aplausos y las porras de los asistentes. A continuación Soto y Gama, Vasconcelos y Leopoldo Baeza —designado secretario general de la Universidad— se dirigieron a las oficinas de rectoría, donde rompieron los sellos. Ya adentro, el rector plebiscitado hizo sus primeras declaraciones:

Como un punto concreto deseo, con gesto de sincero demócrata, invitar a cada una de las escuelas y facultades a celebrar en cada una, separadamente, un plebiscito o referéndum, con el exclusivo objeto de elegir nuevo director en aquéllas en que se repudie al actual, o bien ratificar el nombramiento y poderes en los planteles en donde los estudiantes les conceden su confianza.¹⁴

No faltó la nota de humor en la singular ascensión de Soto y Gama a la rectoría, a juzgar por estos versos anónimos: 

Si se hace de Soto un día 
rector en este país
la Universidad podría
ostentar su automotriz
¡perdonad!, su autonomía. 

Mas nadie dura en tal puesto
y hay en tal puesto porfías
que a Díaz ponga por esto:
¡porque ya dan por supuesto 
que ese es un puesto de Díaz! 

Y como a Gama lo afama
el que al estudio se entrega
y sabio, sabe en su rama
desde el alfa hasta el omega, 
nadie ¡claro! veta a Gama.

Y si la Universidad en 
prueba de alto testimonio
lo hace rector, obra bien.
reciba ella el parabién 
¡y el pésame don Antonio!

Por lo que se refiere a mi opinión sobre las elecciones de rector, manifiesto que mi impresión sobre el plebiscito del Anfiteatro es de lo más desconsoladora y amarga porque aquello, lejos de revestir los caracteres de una asamblea de gentes civilizadas y que llevan en el alma la conciencia de que van a deliberar sobre un asunto vital para su casa de estudios y para su porvenir, fue una reunión de plazuela, una fiesta de futbol o una corrida de toros, pues desde las bombas y los cohetes, que menudearon en el recinto, hasta las "porras" (yankadas) que hoy se estilan para apoyar a un candidato, a falta de razones, todo ello dio prueba inequívoca de la superfluidad que caracteriza a los señores estudiantes, lo mismo que de su parcialidad, pues al orador que trató de defender la candidatura de don Salvador Azuela, sencillamente no lo dejaron hablar, con "gritos y sombrerazos", no obstante los inauditos esfuerzos que el presidente de debates, señor licenciado Baeza, desarrollaba en su auxilio. 

Por lo que hace a los oradores la impresión que me dejaron no fue muy alentadora que digamos, pues el de más fondo, que entiendo fue un señor doctor cuyo nombre no conozco, mantuvo que la Universidad no debe ser ya una fábrica de especialistas en las profesiones, sino que debe dedicarse a resolver todos los problemas del país. Yo me quedé, y sigo pensando, en cuál será el procedimiento para que la Universidad alcance éxito tan placentero. ¿Cómo logrará que haya obras de irrigación, que se siembre mucho maíz y trigo, que se industrialice la república, que se desarrolle el sistema ferroviario, etcétera, etcétera? ¡Qué bueno hubiera sido que el señor doctor esbozase siquiera el procedimiento a seguir! Los demás oradores se dedicaron casi en absoluto a elogiar al señor licenciado Soto y Gama. Y de éste, mi muy respetable y querido amigo, cuya personalidad política y social es de las pocas que pueden servir de ejemplo, sólo me permito anotar que al final de su discurso dijo que iba a "meter a Dios en la Universidad". La reflexión que me ocurre a ese respecto es que, puesto que según los señores católicos, Dios está en todas partes, y por lo mismo, está en la Universidad, si don Antonio va a meter otro Dios podemos tener, además del conflicto entre los estudiantes y la Junta de Gobierno, un conflicto entre dos divinidades. 

La Ley Orgánica, aunque defectuosa, era el único instrumento permitido para designar rector de la Universidad:

Concluyo declarando, para evitar interpretaciones erróneas, que aunque el conocimiento que tengo de los quilates intelectuales y morales del señor Soto y Gama podrían inclinarme a su candidatura, resueltamente soy partidario de la del señor licenciado Garrido, aunque no lo conozco, porque creo que es la legal, pues desde el momento en que la ley dice que la Junta de Gobierno es la facultada para designar rector, aunque la misma ley diga que eso debe hacerlo "auscultando la opinión estudiantil", la Junta de Gobierno puede sostener que ya auscultó esa opinión, toda vez que la misma ley no define la forma y procedimiento de llevar a cabo esa auscultación. La ley es magistralmente imbécil, pero eso no es culpa de la Junta de Gobierno.¹⁵

Por su parte, el mismo día, a las 13:00 horas, en el Salón de Actos José Martí, de la Facultad de Filosofía y Letras (ubicada en Ribera de San Cosme 71), se reunió la Junta de Gobierno de la Universidad, bajo la presidencia del doctor José Torres Torrija, con varios directores de escuelas y facultades de la casa de estudios por testigos. Estuvo presente el licenciado Luis Garrido, a quien se le comunicó su designación como rector de la Universidad, y se le tomó luego la protesta del cargo, bajo la promesa de cumplir y hacer cumplir la ley y los reglamentos de la institución. Tomó luego la palabra el licenciado Garrido para agradecer el honor de que se le designara rector, cargo que aceptaba "sólo por la aguda crisis por la que atraviesa la institución, pues ningún universitario que se precie de serlo podría rehusarse a prestar su colaboración para salvar el prestigio de la Universidad".¹⁶ Las adhesiones de los directores de escuelas y facultades, y de un nutrido grupos de profesores y alumnos en su favor no se hicieron esperar. 

El rector Garrido se entrevistó con el presidente Alemán durante media hora, y al término de su audiencia declaró: "Desde hoy han quedado establecidas las relaciones oficiales entre el Ejecutivo de la república y la rectoría a mi cargo, al ser recibido en audiencia especial por el señor presidente, hoy en la mañana en su residencia de Los Pinos". Este encuentro cayó como balde de agua fría en los partidarios de Soto y Gama; no obstante, tomaron violentamente la Facultad de Filosofía y Letras donde se encontraba el despacho de Garrido, y echaron a los empleados que allí se hallaban. Aquél, por su parte, agregó ante los reporteros que "lucharía hasta lo último" y anunció que estaba por efectuarse el primer plebiscito en la Preparatoria, "para demostrarle a la opinión pública y a los poderes que tengo la mayoría universitaria".¹⁷

Durante el plebiscito en El Generalito de la Escuela Nacional Preparatoria, parado en la mesa del presídium, Soto y Gama afirmó que durante sus cincuenta años de educador había asistido a muchos mítines y tenido verdaderos enemigos, pero éstos eran "pobres reclutas del comunismo... la voz de la verdad es Cristo y es Dios", y al dirigirse a quienes estaban tratando de impugnar los argumentos para celebrar el plebiscito, los calificó de "pobres demoniacos". Luego se refirió a los comunistas y lanzó sobre ellos duros calificativos, pues dijo que muchos de ellos se enriquecen en tanto alardean de ser socialistas, aludiendo a Lombardo Toledano. "La base única de la cultura es Dios; sin él se prostituye la mujer y se corrompe el hombre"; finalizó exhortando "a la juventud, que está de pie, juventud de mi patria que se apresta a defender este centro de cultura". El director de la Escuela Nacional Preparatoria, designado por el procedimiento plebiscitario, fue el licenciado Rubén Salido Orcillo. 

Al retirarse, Soto y Gama manifestó que "en nombre de la democracia universitaria y de la democracia directa", lo dejaba instalado en su puesto.¹⁸ Procedimientos semejantes se dieron en la escuela de Odontología —donde se nombró al doctor Ulises Contreras en sustitución del doctor Rivera Amieva— y en Extensión Universitaria —donde se ratificó el nombramiento del ingeniero Lucio Morales. 

El plebiscito en la Facultad de Leyes, sin embargo, no transcurrió del mismo modo. El 8 de junio a las diez de la mañana se presentaron Soto y Gama, Xavier Olea y Luis M. Farías. Cuando este último subió a pronunciar su discurso, ampolletas con gases lacrimógenos se estrellaron contra las baldosas del patio. Acto continuo, los garridistas —se encontró que algunos no eran estudiantes— expulsaron a los soto-gamistas, no sin antes haberse enfrentado con palos, piedras y puntapiés. Soto y Gama —quien intentó calmar los ánimos sin éxito— por un milagro salió ileso de la trifulca. Para él los hechos vinieron a demostrar que esta lucha "no es ya universitaria, sino ideológica y dogmática. Una lucha —dijo— de comunismo versus cristianismo; un frente de acción entre Rusia y México, una guerra a muerte entre el comunismo ateo y el espiritualismo cristiano".¹⁹ Y agregó:

Estoy verdaderamente encantado del resultado del mitin celebrado en la escuela de Jurisprudencia, pues la actitud de la minoría comunista, autora de un tonto sabotaje, ha venido a definir los campos. Por un lado, los comunistas y los ateos; del otro, los cristianos y espiritualistas. Ciego estaría el que no viera que el dilema no es otro que éste: o universidad limpiamente mexicana, o universidad impregnada de comunismo. Tiempo es ya de que el gobierno y el pueblo se percaten de que la lucha entre las dos tendencias que dividen al mundo ha empezado ya en México. El botafuego fue el acto sacrílego de Diego Rivera, maquiavélicamente explotado por los comunistas (así lo demuestra la obcecación de Diego Rivera, en pintar y repintar su negación sacrílega)... Hoy más que nunca, los defensores de la idiosincrasia y de las ideologías netamente mexicanas debemos estar en guardia contra el enemigo común, que cautelosamente acecha y se infiltra. Una minoría organizada puede sabotear un mitin estudiantil. Esa misma minoría puede sabotear la paz pública en toda la nación.²⁰

A la madrugada del día siguiente un grupo de estudiantes y pasantes de las facultades de Filosofía y Letras, Economía, Jurisprudencia, Medicina y otras escuelas, tomaron a su vez el edificio central de la Universidad, para entregarlo a las autoridades, aunque sólo lo mantuvieron en su poder durante unas horas, porque luego fueron desalojados por sus contrincantes.²¹

El 9 de junio, pocas horas después del asalto al edificio central de la Universidad Nacional, por los miembros del Comité de Gestiones y por algunos pasantes que desalojaron del edificio a la guardia sotogamista, el licenciado Luis Garrido tomó posesión de dicho inmueble y declaró que: 

la vida de la Universidad se va a normalizar más pronto de lo que creíamos, en virtud de que los estudiantes van a disuadir a los escasos elementos que siguen a Soto y Gama de continuar en su actitud, porque la voluntad de la mayoría universitaria es que la institución reanude sus actividades en la senda del trabajo y la cultura.²²
 

El potosino pedía un imposible. Estas palabras fueron un golpe mortal a la causa, por lo que las deserciones se sucedieron minuto a minuto. Era obvio que mientras Soto y Gama no dispusiera de presupuesto, su apuesta estaba perdida.²³

Al final, las presiones combinadas del gobierno y la hostilidad de los seguidores de Garrido orillaron el 15 de junio de 1948 a Soto y Gama a renunciar al puesto que un plebiscito le dio, al margen de la Ley Orgánica:

Acepté el cargo por dos razones: primera, por no defraudar la confianza que en mí puso el estudiantado al hacerme el honor de conferirme esa alta investidura, en solemne plebiscito; y segunda, con el muy claro propósito de hacer patente el peligro de que la Universidad cayese en manos de ateos y comunistas. Los hechos me han dado la razón; pero ante la extraña ofuscación del actual régimen que se empeña en no verlos, ya que en forma categórica niega que en México exista el problema del comunismo, no obstante la fuerte y bien peligrosa organización de éste; ante la obstinación de que dan muestras, asimismo, la Junta de Gobierno y el Patronato de la Universidad, decididos a apoyar en todas las formas al rector impuesto, licenciado Garrido, a quien se sostiene con la fuerza pública y con la ministración del subsidio; ante la obcecación, también, del mismo Garrido y de los profesores que lo acompañan, quienes no alcanzan a entender que es imposible gobernar una Universidad sin contar con el apoyo, en masa, de los estudiantes; ante estos hechos e imposibilitado para vencer resistencias superiores a mis fuerzas, debo renunciar y renuncio al cargo de rector que tan honrosamente me fue conferido por la mayoría notoria de los estudiantes de la Universidad... Por lo que a mí en lo personal toca, reitero mi promesa, tantas veces formulada, de continuar la lucha contra el comunismo, o sea la lucha por la libertad, por la democracia y por los valores del espíritu. Sólo que de hoy en adelante lo haré, como otras veces lo he hecho, fuera del recinto universitario y dentro del campo mucho más amplio de la contienda cívica nacional y ya sin las limitaciones que el cargo de rector me imponía.•²⁴