Son competencias de la Junta Directiva:
- Nombrar al Rector General de la Universidad, resolver acerca de su renuncia y removerlo por causa justificada.
- Nombrar a los Rectores de las Unidades Universitarias de las ternas de candidatos que le presente el Rector General de la Universidad.
- Resolver acerca de las renuncias de los Rectores y removerlos por causa justificada.
- Designar a los miembros del Patronato.
- Resolver en definitiva cuando el Rector General vete los acuerdos del Colegio Académico.
- Conocer y resolver los conflictos que se presenten entre los demás órganos de la Universidad.
- Ejercer el derecho de iniciativa ante el Colegio Académico en las materias de la competencia del mismo.
- Expedir su propio reglamento.
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